Το πρωτάθλημα πετοσφαίρισης ανδρών 1998−1999 ήταν το ενδέκατο πρωτάθλημα Α1 Εθνικής. Συμμετείχαν δώδεκα ομάδες, οι έξι από την Αττική, τρεις από τη Θεσσαλονίκη και άλλες τρεις από επαρχιακές πόλεις της Βόρειας Ελλάδας.
Την περίοδο αυτή καθιέρωθηκε το νέο σύστημα πόντων, η συνεχής καταγραφή που αντικατέστησε την αλλαγή (σύστημα στο οποίο μόνο η ομάδα που εκτελούσε το σέρβις κέρδιζε πόντο αν σκόραρε), με τα σετ πλέον να τελειώνουν στους 25 πόντους αντί για τους 15, με εξαίρεση το τάι μπρέικ που τελειώνει στους 15. Μια ιδιαιτερότητα που ίσχυσε μόνο αυτή την περίοδο ήταν το δίποντο. Συγκεκρίμενα το σκοράρισμα από απευθείας εκτέλεση σερβίς, ο αποκαλούμενος άσος, με μία ή καμία επαφή αντιπάλου έδινε δύο πόντους. Εξαιτίας του διπόντου, πολλά σετ σε διάφορα παιχνίδια της περίοδου τελείωσαν με σκορ που πλέον είναι αδύνατο να επαναληφθούν (π.χ. 26-20, 30-27, 26-11 κτλ.).
Το πρωτάθλημα κατέκτησε ο Ολυμπιακός για 19η φορά και δεύτερη συνεχόμενη μετά τη σεζόν 1997-1998.
Η κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος ολοκληρώθηκε με τον Ολυμπιακό να έχει γνωρίσει μόλις δύο ήττες σε 22 αγώνες και τον Ηρακλή να βρίσκεται τρεις βαθμούς πίσω του. Στον τελικό των πλέι-οφ, η ομάδα του Πειραιά κέρδισε και στα τρία ματς τον αντίπαλο της χωρίς να χάσει σετ.[1] Στην Α2 κατηγορία υποβιβάστηκαν ο Ήφαιστος Δράμας και η Κομοτηνή.
Τα πλέι-οφ ξεκίνησαν μόλις τέσσερις ημέρες μετά την ολοκλήρωση της κανονικής διάρκειας του πρωταθλήματος και ολοκληρώθηκαν με τον τελευταίο μικρό τελικό στις 19 Μαΐου1999.
Η μοναδική διαφορά που παρουσίασε η τελική κατάταξη μετά το τέλος των πλέι-οφ ήταν η κατάκτηση της τρίτης θέσης από την Ορεστιάδα, η οποία "έσπασε" την έδρα του ΠΑΟΚ.[2] Η ΑΕΚ συμμετείχε στο Κύπελλο Κυπελλούχων της επόμενης χρονιάς ως φιναλίστ του κυπέλλου.
